“植物界的大熊貓”誕生了！科學家發(fā)布蘇鐵完整基因組圖譜

近日，科學家完成蘇鐵基因組解析工作，發(fā)布蘇鐵完整基因組圖譜，這意味著種子植物基因組演化研究中的最后一塊拼圖已順利完成。4月18日，《自然-植物》(Nature Plants)以封面文章發(fā)表該研究成果。據(jù)悉，該研究成果數(shù)據(jù)公開共享，全球科學家可免費下載使用。

蘇鐵是地球上現(xiàn)存最古老的種子植物，是著名的“活化石”植物。它的起源可以追溯到大約3億年前，在侏羅紀時代達到最盛期，曾與恐龍一起稱霸整個地球。

蘇鐵經(jīng)歷過兩次大滅絕、數(shù)輪冰川期等諸多考驗，在這個星球上存活了億萬年，現(xiàn)今卻已處于瀕危邊緣。目前，蘇鐵被世界自然保護聯(lián)盟紅色名錄列為極度瀕危物種，也是我國國家一級重點保護植物。2008年，中國政府主導完成的第一個“珍稀瀕危植物回歸”項目，便是關于蘇鐵保護。

據(jù)了解，作為最原始的種子植物，蘇鐵被譽為“植物界的大熊貓”。然而，蘇鐵的基因組較大，結構復雜，為科學研究工作增添不少難度。現(xiàn)存最原始種子植物中，僅蘇鐵分支一直缺少完整的基因組圖譜。

2017年，深圳華大生命科學研究院(以下簡稱“華大研究院”)啟動萬種植物基因組計劃，旨在推進生物多樣性、進化、生態(tài)保護及各種重要基礎科研和農(nóng)業(yè)應用轉化問題的研究。同年，華大研究院、深圳市仙湖植物園、中科院昆明植物所聯(lián)合發(fā)起蘇鐵基因組項目。

據(jù)華大生命科學研究院劉歡研究員介紹，該項目選取蘇鐵類最基部的類群、同時也是中國特有的古老殘遺種-攀枝花蘇鐵作為測序材料，吸引了植物學領域國際頂級專家加入，最終由國內(nèi)外22個機構，60多名科學家共同參與完成，研究成果數(shù)據(jù)公開共享，全球科學家可免費下載使用。

研究團隊基于現(xiàn)存蘇鐵目339種植物的轉錄組數(shù)據(jù)，重建了蘇鐵類自身的系統(tǒng)發(fā)育關系，確定了蘇鐵演化的完整歷史。分子鐘分析表明，現(xiàn)存蘇鐵的多樣化同步發(fā)生于距今1100至2000萬年之間，是中新世以來氣候劇烈變化的結果。

此外，關于裸子植物的共同祖先是否經(jīng)歷了全基因組加倍事件一直存在爭議。研究發(fā)現(xiàn)，伴隨著種子植物起源，許多關鍵創(chuàng)新性狀如種子發(fā)育、花粉、次生生長相關的基因家族均發(fā)生了創(chuàng)新或擴張。在種子植物的祖先節(jié)點共發(fā)現(xiàn)663個新獲得的基因家族和368個擴張的基因家族，推斷現(xiàn)存裸子植物的最近共同祖先可能經(jīng)歷了一次古老的全基因組復制事件。

研究還發(fā)現(xiàn)，蘇鐵種子的毒性雖限制了蘇鐵的食用功能，但其仍能發(fā)揮出重要的社會效益。研究團隊在攀枝花蘇鐵基因組中發(fā)現(xiàn)一種細胞毒素蛋白基因(fitD)，該基因起源于細菌，通過水平基因轉移的方式轉移到真菌和蘇鐵中。基于蘇鐵類339個物種轉錄組數(shù)據(jù)，研究發(fā)現(xiàn)該毒素蛋白只在蘇鐵中存在，且在蘇鐵種子和根部高表達，目前尚未在其他植物中發(fā)現(xiàn)。

深圳仙湖植物園張壽洲教授介紹：“本次發(fā)現(xiàn)的毒性蛋白能夠殺死一些常見昆蟲，如棉鈴蟲、小菜蛾等，目前已通過基因重組技術將其成功應用于棉花，事實證明其殺蟲效率比現(xiàn)有抗蟲棉更高，可在棉花種植中進行推廣。此外，該毒性蛋白的植物性來源，也使其對玉米等農(nóng)作物具有更安全、更高的保護性。”

此外，研究團隊還揭露了蘇鐵的性別決定相關基因，揭示了蘇鐵性別決定的遺傳機制。研究團隊通過對62株雌雄蘇鐵群體(源于四川攀枝花蘇鐵國家級保護區(qū))進行測序分析，在雄株的Y染色體中找到了雌雄表達差異最大的一個基因，該基因編碼一個MADS-box轉錄因子，推測其調(diào)控雌雄蘇鐵的性器官發(fā)育。該轉錄因子的同源基因也僅能在雄株基因組中檢測到，說明了該性別決定機制在蘇鐵類植物中的保守性。

研究還發(fā)現(xiàn)了蘇鐵種子儲存蛋白中的營養(yǎng)功能、抗菌功能等。

深圳華大生命科學研究院劉陽、王思博、李林洲、楊婷、魏桐，深圳仙湖植物園董珊珊，蘭州大學武生聃等為該論文共同第一作者。深圳仙湖植物園張壽洲，深圳華大生命科學研究院劉歡，中科院昆明植物所龔洵，美國佛羅里達大學Douglas E. Soltis，比利時根特大學Yves Van de Peer為論文共同通訊作者。